Leptospirosis y brucelosis humana constituyen hoy en día problemas en la salud pública y la medicina veterinaria en Cuba. Demostrar la situación actual de la referencia y el diagnóstico de ambas entidades clínicas así como abordar la implementación de nuevos algoritmos de laboratorio  (2012-2013) constituyen los objetivos de esta investigación. Dentro de la referencia de leptospirosis, se ha mantenido estable el envio de sueros por parte de la mayoría de los CPHEM, con énfasis en muestras pareadas, aunque casi el 40% de éstas continúan sin pareamiento. Existe un alto grado de coincidencia entre los resultados de los laboratorios de los CPHEM y el IPK. No se recibieron aislamientos de leptospiras de las provincias y se implentó el hemocultivo en hospitales capitalinos. La confirmación del 39,42% de las muestras positivas a leptospiras en fallecidos, permitió la confirmación de la infección. Con respecto a brucelosis humana, se logró implementar el diagnóstico serológico por FAB  en todos los laboratorios y se reciben gran parte de los sueros estudiados para referencia. Se logró confirmar el 34 % de ellos siendo el 15% positivos a IgM  y  el 27% a IgG por los ELISAs para brucelas. Nuevos algoritmos de laboratorio fueron editados para  el diagnóstico de la leptospirosis y brucelosis lo que fortalecerá la vigilancia de ambas enfermedades a nivel nacional. Mantener la vigilancia de laboratorio de estas infecciones continuarán siendo los retos para el sistema nacional de salud pública en Cuba.